گذشته از دریای خزر که به عنوان بزرگ‌ترین دریاچه جهان مورد بررسی قرار می گیرد مهم‌ترین دریاهای ایران، خلیج فارس و دریای عمان (دریای پارس یا دریای مکران) هستند. ارتباط دریایی ایران با سایر کشورها از این دریاها انجام می‌گیرد. طول سواحل خلیج فارس و دریای عمان که از طریق تنگه هرمز به یکدیگر متصل می‌شوند 2530 کیلومتر است.

 این گستره آبی سیمایی کاملا متفاوت با سایر نقاط کشور پدید آورده است. زیرا که در منطقه‌ای گرمسیری واقع شده و ویژگی‌های چنین مناطقی را نمایان می‌سازند.خلیج فارس حوضچه کشیده‌ای است که بین بلوک عربی و رشته کوة های زاگرس قرار دارد. آب خلیج فارس حاوی نمک فراوان و علت شوری زیاد آن نیز تبخیر شدیدی است که در منطقه حکمفرماست.

 


 آب خلیج فارس تقریبا هر قرن یک بار بر اثر چرخه هیدرولوژیکی (آبی) از تنگه هرمز تخلیه می‌شود و به دریای عمان می‌ریزد. در آب‌های خلیج فارس علاوه بر آبزیان متنوع توده‌های مرجانی عظمیمی وجود دارد که حاصل هزاران سال فعالیت و زیست است. مرجان‌ها در واقع یکی از مهم‌ترین جلوه‌های مهم طبیعی خلیج فارس به شمار می‌روند، که بر اثر بی‌توجهی و سودجویی در معرض نابوی و تاراج قرار گرفته‌اند.
جایگاه ویژه جغرافیایی، پیشینه تاریخی و ویژگی‌های خاص سیاسی – اقتصادی خلیج فارس آن را به یکی از مهم‌ترین پهنه‌های آبی جهان تبدیل کرده است. تعداد دریاچه‌های ایران به دلیل وضعیت خاص تکتونیک آن تقریباً زیاد است. برخی از آنها دائمی و بعضی از آنها در بیش‌تر روزهای سال خشک و بی‌آب هستند. از دریاچه‌های مهم دائمی می‌توان به خزر، ارومیه، بختگان، جازموریان، پریشان، مهارلو، زیریوار و هامون اشاره کرد.

خزر(مازندران)
دریاچه خزر مهم ترین محیط دریاچه‌ای دنیاست به همین دلیل آن را دریا می‌نامند. طول و عرض خزر به ترتیب 1204 و 204 کیلومتر و مساحت آن 436000 کیلومتر مربع است. سطح خزر در حدود 28 متر از سطح آب‌های آزاد پایین‌تر و عمق متوسط آن در حدود 180 متر برآورد شده است.
سه بخش شمالی، جنوبی و میانی که عمق و بستر متفاوتی از یکدیگر دارند بر اثر برجستگی زیر‌ابی در امتداد ارتفاعات قفقاز به وجود آمده‌اند. نمک‌های محلول در آب دریای خزر با آب اقیانوس‌ها متفاوت است. در حاشیه شرقی خزر میانی کولاب قره بغاز قرار دارد که با ویژگی‌های خاص خود بر عجایب طبیعی بزرگ‌ترین دریاچه افزوده است. این کولاب به صحرای گرم و خشک ترکمنستان مشرف است.

ارومیه
دریاچه اورمیه بزرگ‌ترین و شورترین دریاچه دائمی داخل ایران است که با نام‌های چی‌چست و کبودان نیز شهرت داشته است. مساحت تقریبی آن 6000 کیلومتر مربع، طول آن 135 تا 150 کیلومتر و عرض آن از 15 تا 50 کیلومتر متغیر است با عمق متوسط 6 متر.
میزان شوری این دریاچه در تمام نقاط و در تمام زمان یکسان نیست. حدالکثر میزان املاح آن در هنگام پر‌آبی 220 گرم در لیتر و در تابستان 280 گرم در لیتر افزایش می‌یابد. به رغم تصور رایج، با وجود شوری زیاد موجودات زنده بسیاری چه به صورت مهاجر و چه بومی در این دریاچه زیست می‌کنند. در سواحل باتلاقی دریاچه اورمیه، لجنی متعفن وجود دارد که به صورت خمیر سیاه رنگ دیده می‌شود و روی آن قشر سفید رنگی از املاح اکسید نشده وجود دارد قشر اخیر در نتیجه تبخیر آب دریاچه به وجود آمده است. لجن سیاه رنگ که خواص درمانی دارد دارای ترکیبات گوگردی و به ویژه سولفید گوگرد است.

دریاچه نمک
این دریاچه با نام‌های مختلفی مانند دریاچه نمک کاشان، دریاچه نمک قم، دریاچه قم، دریاچه آران و دریاچه مسیله نیز نامیده شده است از شمال به دشت ورامین و سیاه کوه و از جنوب به کوه‌های جنوب قم محدود می‌شود. طول و عرض آن به ترتیب 80 و30 کیلومتر و مساحت تقریبی‌ آن 2400 کیلومتر مربع است. میزان شوری بسیار بالای این دریاچه به دلیل وجود لایه‌های نمک در زمین‌های اطراف و املاح زیادی است که به وسیله رودخانه‌ها وارد آن می‌شود، که در تابستان به دلیل تبخیر زیاد لایه‌های نمک روی آن به وجود می‌آید.

حوض سلطان:
این دریاچه فرورفتگی نامتقارنی به مساحت تقریبی 330 کیلومتر مربع را در شمال شهرستان قم و شال غربی دریاچه نمک تشیکل می‌دهد. در واقع دریاچه حوض سلطان یا دریاچه شاهی از دو چاله جدا از هم به نام‌های حوض سلطان و حوض مره تشکیل شده است.

گاوخونی:
گودال گاو خونی (گاوخانه، گاوخوانی) که به باتلاق نیز شهرت دارد در جنوب شرق اصفهان واقع شده و از آب زاینده رود تغذیه می‌کند.

بختگان:
 دیاچه بختگان به صورت فرورفتگی بلند و کشیده ای به طول تقریبی 100 کیلومتر و 2000 کیلومتر مربع مساحت در غرب شهرستان نی‌ریز در فارس واقع شده و از رود کر و آبراه‌های فصلی سیراب میشود. دریاچه کوچک طشک با وسعت تقریبی 800 کیلومتر مربع در شمال غربی دریاچه بختگان قرار دارد و با تنگه باریکی در بخش غربی به آن متصل می‌شود و جزیره نرگس از پهنه‌های خشکی درون آن است. هامون. این دریاچه بزرگ ترین حوزه دریاچه‌ای در شرق ایران است و در دشت سیستان قرار دارد. وسعت آن در حدود 1800 کیلومتر مربع و عمق متوسط آن در فصل پر‌آبی پنج متر است. این دریاچه سه حوضچه اصلی به نام پوزک، صابری و هیرمند را که در موقع کم آبی از هم مجزا و در ایام پر‌آبی به هم متصل می‌شوند در بر می‌گیرد که از رودخانه هیرمند (هلمند) سیراب می‌شوند. در سالهای اخیر مهم ترین شریان حیاتی هامون یعنی رودخانه هیرمند از سوی افغان‌ها به وسیله سد کجکی قطع شده است و این دریاچه بی‌نظیر به پهنه‌ای خشک تبدیل شده که در نتیجه حیات را در سیستان در معرض خطر قرار داده است.

جازموریان :
جازموریان در جنوب استان کرمان با مساحت 3300 کیلومتر مربع قرار دارد که از رودخانه‌های هلیل رود با منابع آبی هزار و لاله زار و جبال بارز و رود بمپور تغذیه میکند.

هامون ماشکل :
دریاچه کوچکی در مرز ایران و پاکستان که رودهای، ماشکل یا ماشکید و شاخه‌های سیمین و رختک به آن وارد می‌شوند.

مهارلو :
این دریاچه در 18 کیلومتری شرق شیراز است. گرچه سیلاب‌های رودخانه و چشمه‌های فارس آب آن را تأمین می‌کنند، ولی بسیار شور است و از نمک آن در صنایع غذایی و پتروشیمی استفاده می‌شود.